Сергей Черногубовский окончил Санкт-Петербургский государственный морской технический университет по специальности инженер-кораблестроитель. Его трудовая деятельность началась на Адмиралтейских верфях в 1993 году.

За почти 30 лет трудового стажа Сергей Черногубовский занимал различные руководящие должности. Работая в структуре Госкорпорации «Росатом» – «Концерн Росэнергоатом», возглавлял строительство единственной в мире плавучей атомной электростанции «Академик Ломоносов». В течение пяти лет руководил строительством головного и первых двух серийных универсальных атомных ледоколов проекта 22220 на Балтийском заводе.

Работал первым заместителем директора – заместителем директора по производству филиала «Севастопольский морской завод» АО «ЦС «Звездочка».

С 2021 года Сергей Черногубовский возглавляет Департамент гражданского судостроения Объединенной судостроительной корпорации.