Пилотируемый корабль "Союз МС-16" спустя 6 часов после старта, в 17:13:21 мск, в штатном режиме пристыковался к модулю "Поиск" российского сегмента Международной космической станции. Программой полёта была предусмотрена четырёхвитковая схема сближения "Союза" со станцией.

Сближение выполнялось в автоматическом режиме под контролем специалистов Главной оперативной группы управления российским сегментом МКС в Центре управления полётами. В настоящее время экипажи выполняют операции по подготовке к открытию переходных люков: проводят контроль герметичности отсеков корабля и выравнивание давления между МКС и "Союзом", а также снимают скафандры в бытовом отсеке.

Ранее, 9 апреля 2020 года, в 11:05:06 мск, с космодрома Байконур успешно стартовала ракета-носитель "Союз-2.1а" с пилотируемым кораблем "Союз МС-16". Он доставил на МКС международный экипаж с позывным "Иркуты" — космонавтов Роскосмоса Анатолия Иванишина и Ивана Вагнера, астронавта NASA Кристофера Кэссиди.